Ciao!

Non penso tu vada incontro a problemi con le modifiche da te descritte...
Solo non ne capisco molto il senso su una moto depotenziata.

Più che altro, visto che la centralina viene tarata sulle specifiche del GPR ti consiglierei di controllare i valori dei gas di scarico, ed eventualmente di intervenire sulle regolazioni della centralina stessa, al fine di evitare pericolosi smagrimenti; anche se tra un completo e l'altro non ci dovrebbero essere differenze abissali.

Oltretutto... Spiegami in cosa consiste l'intervento della centralina originale a livello di limitazione: Limita i giri, oppure è solamente una limitazione di carburante?
In entrambi i casi non so quanto il tuo scarico oltre al peso, all'estetica, e al sound possa giovare alla resa della moto.
Oltretutto hai anche l'aspirazione strozzata, il che contribuisce a fare in modo che i cilindri non si riempiano a dovere a determinati giri (detto in maniera dozzinale, eh!), quelli nei queli il motore dovrebbe dare il meglio di se stesso.
Guarda caso, questi giri sono anche quelli ai quali solitamente vengono accordati gli impianti di scarico, e dimensionati per certe portate di fluido che nel tuo caso non arrivano....
Comunque, se vuoi montare la centralinetta, fai pure.... Solo, ripeto, non so se il gioco vale la candela.
Oltretutto le piccole GPR non le ho mai viste montate nemmeno sulle moto "full power", dove di solito si preferiscono le più versatili Power Commander, o Rapidbike.
Prova fai una ricerca nel forum. Magari c'è qualcuno che le ha montate e può darti qualche feedback.