Alla ducati non capiscono il problema

Da come descrivi il problema sembra essere un problema di carburazione troppo grassa.
Sembra che la centralina o una mappatura non leggano i giusti parametri, il primo passo che farei é quello di cambiare le candele, poi un check alla centralina per eliminare eventuali errori che può aver memorizzato.
La moto monta scarichi originali? Il filtro aria come é messo? Un'occhiata anche a quello la darei.

Allora un check alla centralina é d'obbligo

Se hanno fatto il reset e ancora ci sono quei problemi significa che è rimasto qualche errore memorizzato, in pratica il reset non li ha cancellati.
Oppure potrebbe esserci il filtro aria intasato, per caso è stato sostituito o ci hanno messo mano in qualche modo?