La modifica che hai in mente tu non è ammessa dal CdS: ogni modifica alle caratteristiche indicate nel certificato di circolazione (il "libretto") avrebbe bisogno del nulla osta della casa costruttrice (e non lo rilasciano mai).
Quello che rischi è la contestazione della violazione dell'art.79:
Citazione:
6. Chiunque circola con un ciclomotore non rispondente ad una o più delle caratteristiche o prescrizioni indicate nell'art. 52 o nel certificato di circolazione, ovvero che sviluppi una velocità superiore a quella prevista dallo stesso art. 52, è soggetto alla sanzione amministrativa del pagamento di una somma da euro 410 a euro 1.643.
Citazione:
14. [...] Alla violazione prevista dal comma 6 consegue la sanzione amministrativa accessoria del fermo amministrativo del veicolo per un periodo di sessanta giorni; in caso di reiterazione della violazione, nel corso di un biennio, il fermo amministrativo del veicolo è disposto per novanta giorni. [...]
Tieni inoltre presente che se il veicolo dovesse superare i 45km/h rischieresti anche l'ammenda per guida senza patente (2000 euro di multa circa e fedina penale sporca con tutti i problemi annessi)