La superficie "ondulata è normale anche i miei non erano lisci, ovvio dipende da quanto lo sono ma se ci passi col dito e senti che non è regolare va bene.
Se poi non avverti vibrazioni strane in frenata non ti stare a preoccupare.
In 4 anni i dischi non li usuri a meno che non hai usato pasticche molto aggressive a maggior ragione sulla ninjetta che non ha poi tutto questo mordente e un bel freno motore.

Per sicurezza prova a misurare lo spessore con un calibro e guarda se rientra nei parametri (dovrebbe esserci scritta la misura da rispettare sul disco nella parte nera che attacca al cerchio).

Dipende quanto sono profondi i solchi.
Un profilo ondulato è normale, ovvio che se ci sono delle piste profonde non lo è.
La frenata fiacca è molto più probabile dipenda dall'impianto da spurgare, dal liquido da cambiare o dai tubi in gomma da sostituire.
Per il posteriore il cigolio dipenderà da alcuni punti da lubrificare.

I tubi dei freni sarebbero da sostituire ogni 2 anni (anche se è un limite molto in sicurezza) ma visti i chilometri può tranquillamente essere che la gomma col tempo e l'utilizzo si sia "lasciata andare" e quindi non trasmetta più la stessa potenza frenante di una nuova.
54 mila in effetti se hai usato pasticche un po' aggressive e se usi tanto il freno potrebbero aver mangiato il disco.
Comunque in caso fossero da sostituire al momento cambia solo il davanti e metti i tubi nuovi (magari in treccia).

I tubi in treccia non richiedono omologazione e sono assolutamente legali

Considerata l'esigenza di regolamentare la sostituzione di taluni componenti dell'impianto frenante dei motocicli; [...]

Art. 1
Campo di applicazione
1. Il regolamento si applica ai sistemi dischi freno, di seguito definiti "sistema" come specificato al successivo articolo 2, destinati ad essere installati sui motocicli - categoria internazionale L3 - quali elementi di sostituzione dei corrispondenti componenti originali o loro ricambi. [...]

Art. 2
Definizioni
1. Ai fini del regolamento si definiscono quali:
a) "sistema" dischi freno l'insieme costituito dai dischi freno ed, eventualmente, da uno o più dei seguenti elementi:
[...]
4) tubazione di collegamento;
[...]

Art. 3
Omologazione dei sistemi
1. La domanda di omologazione di un sistema è presentata dal costruttore, ovvero dal suo rappresentante, opportunamente accreditato, ad un servizio tecnico del Dipartimento per i trasporti, la navigazione ed i sistemi informativi e statistici, così come indicato all'articolo 3, lettera ll), del decreto 28 aprile 2008 del Ministro delle infrastrutture e trasporti, pubblicato nella Gazzetta Ufficiale, S.O., n. 162 del 12 luglio 2008, secondo le modalità previste dal decreto 2 maggio 2001, n. 277. La domanda è corredata da una scheda informativa compilata in conformità al modello riportato nell'allegato A, che costituisce parte integrante del presente decreto.

[...]

4. A ciascun tipo di sistema, omologato in ottemperanza alle prescrizioni del regolamento, è assegnato un numero di omologazione ovvero di estensione di omologazione, in conformità a quanto previsto nell'allegato IV al decreto del Ministro dei trasporti e della navigazione 2 maggio 2001, n. 277.

[...]

Art. 5
Prescrizioni per l'installazione dei sistemi sui veicoli
1. Gli Uffici della motorizzazione civile, a richiesta dell'utenza, procedono alla visita sui singoli veicoli per verificare la conformità del sistema installato al tipo omologato.
2. L'installatore fornisce una dichiarazione con la quale certifica l'osservanza delle disposizioni di installazione previste dal costruttore, ovvero, nei casi previsti all'articolo 4, comma 3, dal costruttore del veicolo. La dichiarazione è redatta secondo il modello riportato in allegato D, che costituisce parte integrante del presente decreto.

Art. 6
Aggiornamento della carta di circolazione
1. Successivamente all'effettuazione, con esito positivo, della visita di cui all'articolo 5, gli Uffici della motorizzazione civile procedono all'aggiornamento della carta di circolazione, secondo le modalità stabilite dalla Direzione generale per la motorizzazione.
2. In fase di aggiornamento della carta di circolazione, secondo quanto indicato al comma 1, sono apportate le eventuali modifiche e prescrizioni risultanti dalla documentazione rilasciata dal costruttore del sistema, indicata all'articolo 7.