Essendo un assoluto ignorante in termini di meccanica... mi era venuta questa curiosità: è possibile montare il terminale di una moto di grossa cilindrata (600 4T per esempio) su una moto di piccola cilindrata (125 4T per esempio)?

Beh, in teoria, tutto, o quasi, è possibile....
I lavori di attuazione potrebbero essere decisamente complessi.....

Come mai volevi fare questa modifica?

bè, primo sicuramente i collettori saranno diversi, probabilmente più grossi di diametro, secondo dovrai ricarburare la moto con degli scarichi che saranno sicuramente più aperti.
Ma danni meccanici non credo tu possa averne.

secondo me è inutile, a quale fine vuoi arrivare montando lo scarico di un 600? se è per il rumore, puoi togliere un pò di lana dal silenziatore del 125, oppure se vuoi uno scarico più performante, prendi un akrapovich ma di un 125 non del 600 e la monti. Comunque ti veraà un pò male a montare un collettore del 600 su un 125 perchè sono di diametro maggiore, sicuramente avrai bisogno di una saldatrice o degli spessori perchè lo scarico del 600 è troppo grosso e poi devi per forza ricarburare.