Di sicuro ti ritrovi con un motore di cilindrata maggiorata, il che può anche non essere male.
Ti conviene andare dal ricambista yamaha e misurare uno dei tuoi pistoni con uno originale per verificare la distanza dallo spinotto al cielo, come ti hanno già consigliato
Ma chi te lo ha venduto sapeva della modifica?

devono avere per forza alesato i cilindri, perchè l'alesaggio originale è di 65,5. Come abbiano fatto non te lo so dire. L'unica è andare dal ricambista, oppure da un meccanico-motorista che ne capisca davvero

I cilindri si montano tranquillamente sul semiblocco che è sicuro di una R6 2000 dato che ha la sigla del motore stampata a lato quindi non credo siano di una 2006 altrimenti non monterebbero nemmeno con i riferimento della testata.

Magari li hanno alesati veramente oppure esiste un modello R6 che li ha da 67,5mm..

Il problema è che per me è fondamentale capirlo perchè ho un problema di compressione in un sistema che apparentemente è perfetto.

beh sempre parlando in linea teorica non è detto che il blocco cilindri 2006 non sia montabile sul carter 2001...
in ogni caso la guarnizione di testa della versione 2001 se è per 65.5 sarà più stretta dei cilindri giusto
prova a controllare, se è così è molto facile che sia èer quello che non tiene

quanto gioco ce' tra pistoni e guarnizione

Mmh, mi sono spiegato male

La vecchia guarnizione era montata sul motore in questione con i pistoni da 67,5mm e era nera quindi era stata usata con il motore in funzione e confrontandola con la nuova sono praticamente uguali a livello di diametro dei cilindri.

P.S. beh, sì, il carter superiore comprende anche i cilindri, ma se questi fossero della 2006 sarebbe impossibile che montassero sia sul semiblocco inferiore che sulla testata.. vorrebbe dire che il motore è rimasto uguale sino al 2006.