Immagino che i 3 fili della batteria siano 2 rossi e uno nero, attaccati i due rossi da un lato e il nero dall'altro. Beh, la batteria da corrente a tutta la moto tramite quei 3 fili.. Uno rosso è il positivo generale, l'altro è il cavo che va al motorino d'avviamento (passa per un fusibile e un relè) e il nero è la massa, ovvero... Il circuito che si chiude.

quindi basta che stacco i fili dalla batteria giusto?? posso fare qualche danno??

Staccali, ma mi raccomando, prima stacca il positivo, e poi il negativo. E non far toccare tra loro i fili.