E' evidente che hai un problema di ricarica, quindi ci sono 4 possibilita':
1) Alternatore rotto
2) regolatore rotto
3) batteria finita
4) un cattivo contatto
Per prima cosa controlla il cavo che parte dal regolatore e va alla batteria passando per un fusibile da 30 A (il Main Fuse B sullo schema della VFR 800 non Vtec): puo' fondersi e lasciar passare poca corrente, con andamento casuale.
Se poi la ricarica e' corretta (14.0-14.8 V a 5000 giri con fari abbaglianti accesi), devi rassegnarti a fare un controllo piu' lungo.
Prendi quindi un piccolo tester digitale (il meno costoso che trovi nei supermercati, max 20 Euro), lo connetti direttamente ai poli della batteria (trova tu il modo, basta che non ci sia possibilita' di contatti) e ti porti il tester sopra il serbatoio, dove lo fissi con del nastro adesivo.
A questo punto fai i soliti percorsi e controlli costantemente la tensione.
In base ai risultati puoi decidere cosa fare; sicuramente qualcosa succedera', altrimenti la moto non ti darebbe dei problemi.
Per evitare questo tipo di problemi, io utilizzo un piccolo voltmetro a led (3 led, rosso, giallo e verde, di quelli per auto, da infilare nell'accendisigari) che da molte piu' informazioni di quanto si possa supporre. Se ben letto, praticamente ti evita tutti i guai con l'impianto di ricarica. Non e' che ti preserva da rotture, ma evita il restare a piedi, cosa sempre spiacevole (ed anche costosa).

Il regolatore di tensione lo trovate della Ducati Energia (identico all'originale) distribuito da SGR (società Generale Ricambi di Bo) con i seguenti codici:

- 34.90603 a circa 120 euro con stesso identico connettore (ma costa di più, ha le alette tagliate e raffredda meno)

- 34.9060 costa circa 82 euro ma occorre riutilizzare il vecchio connettore perchè è diverso (ma costa meno e và meglio perchè ha alette più estese)

Sostituire sempre la batteria insieme al regolatore e tenerla verificata (Yuasa YTX 12 - BS, 12V/12A, circa 47 euro)

Montare sul regolatore una ventolina da pc 80x80x20 sotto chiave che gira a chiave inserita ed aiuta a smaltire il calore.

Saluti

io di regolatori Ducati ne ho cambiati ben 4 nel mio vecchio 800 FI: sembrano piuttosto affidabili, ma devi far caso che abbiano il filo di colore nero. Io li ho sempre messi senza quel filo e ogni 4/6 mesi mi trovavo a dover cambiare RR e batteria !! Mi hanno spiegato in officina che è un "feedback" per verificare il ivello di carica della batteria e dosare la corrente in uscita dal RR: senza quel filo in buona sostanza il tuo regolatore sente sempre la batteria scarica e lavora a manetta, si surriscalda e dopo pochi mesi ti lascia a piedi...