Se io compro la moto con accessori,scarico e altri accessori pedane,fari a led ecc.. mi vengono dati anche gli accessori originali?
Inoltre i pezzi tipo borse,scarico,cupolino ecc. mi conviene acquistarli aftermarket o comprando il tutto dal concessionario stesso?

Spiegati meglio: quali sono gli accessori che vorresti montare after market? Comunque, di norma, no: se monti ad esempio un terminale Akrapovic, non è che ti danno anche quello di serie.

Certe cose, imho, ti conviene prenderle aftermarket, altre di serie, va valutato caso per caso. Io per esempio di Honda ho preso solo il cavalletto centrale, il resto è quasi tutto Givi, ordinato e montato dal concessionario ma a prezzi ben più bassi. Tanto per dire, il blocco barre laterali/faretti di Honda costa in totale 800 €, con Givi me la sono cavata con 300. Ma, ovviamente, ci sono casi e casi.

Borse-> valuta se esistono di terzi.
Pedane passeggero-> non mi è chiaro. Intendi quelle in alluminio Link a pagina di Yamaha-motor.eu Perché di serie dovrebbe comunque avere quelle normali.
Scarico-> Quello mi pare lo trovi solo aftermarket. Se cambi tutto lo scarico, hai una spesa non proprio indifferente. Se cambi solo il terminale (se possibile) risparmi ma ottieni solo un cambiamento di sound. In entrambi i casi si tratta più che altro di uno sfizio estetico perché non otterrai grossi guadagni.
Cupolino-> Questi ne trovi senz'altro anche aftermarket di varie marche. Difficile dire quale sia quello più efficace. Se prendi quello Yamaha spendi qualcosa in più.
Indicatori a led-> Prese in Yamaha hai qualche sicurezza in più sull'omologazione ma non sono sicuro che ti diano anche quelle standard.
Copriserbatoio-> Intendi l'adesivo? O questi? Link a pagina di Yamaha-motor.eu

Dunque, per le borse ti occorrono i telaietti, se rigide, sennò quelle morbide le metti/togli tranquillamente.
Le pedane penso siano solo una questione estetica e, al limite, di peso. Onestamente valuterei più avanti se vale la pena spenderci.
Lo scarico, più che omologato per la R3, deve essere fatto per lei in base agli attacchi, ecc, poi ci sono quelli omologati e quelli no (per la serie: a tuo rischio e pericolo).
Un cupolino puig o givi viene sugli 80/90 euro, quello Yamaha sui 120.
Il copriserbatoio, bho, non saprei cosa consigliarti.