Non credo ci siano problemi.
La batteria viene costantemente ricaricata dall'alternatore, quindi non ci sono problemi per i circuiti elettrici perchè cambi semplicemente una fonte di energia (l'alternatore) con un'altra (il caricabatterie).
Allo stesso modo, l'alternatore non può rovinarsi perchè ci sono 13v sull'impianto non forniti da lui, altrimenti si rovinerebbe anche se tu avessi una batteria completamente carica.

Quindi, dato che nè circuiti nè alternatore si rovinano, rimane la batteria stessa da analizzare.
L'unica cosa che cambia tra caricare la batteria staccandola dalla moto o tenendola attaccata è il tempo di ricarica, perchè rimanendo collegata alla moto ha comunque delle funzioni parassite da mantenere accese (esempio ora dell'orologio e similari).

L'unica cosa che non farei è tentare di accendere il motore con il caricabatterie attaccato... il motorino consuma, ed è possibile che ci sia un passaggio di corrente eccessivo attraverso il caricabatterie (soprattutto se la batteria è scarica) che potrebbe causarne la rottura.

mi diceva un mio collega elettrotecnico che il problema è che ci possono essere dei picchi di corrente (diciamo delle anomalie) che potrebbero friggere qualche centralina...